Nell’archivio della Curia Lunense vi è una lettera datata 30 ottobre 1628 che fa intendere che questa chiesa all’inizio era semplicemente un oratorio costruito per la nuova immagine della Beatissima Vergine detta della Misericordia che fece la sua prima apparizione ad un pastore di Padova. La Chiesa sembra sia stata eretta per ringraziare la Vergine per la fine di una siccità durata parecchi mesi nel 1627.
I massesi, infatti, durante questo periodo fecero una processione che partendo dalla Chiesa abbaziale di Piazza Aranci andò fino all’edicola della Madonna della Misericordia e giunti davanti alla venerata effigie iniziarono le loro litanie luterane. Subito dalle prime invocazioni si vide apparire sul cielo di bronzo una nuvoletta perpendicolare alla sacra edicola che allargandosi gradatamente, sul finire delle litanie, rovesciò sulla zona un abbondante acquazzone per circa mezz’ora. Un altro miracolo che si attribuisce alla Madonna è quello di aver salvato la popolazione dalla peste che colpì duramente alcune regioni italiane. Fu il Duca Carlo dei Cybo Malaspina a dare l’incarico all’Architetto Raffaello Locci, canonico della Collegiata di San Pietro, di preparare il disegno del nuovo tempio. La chiesa fu inziata alla fine del 1628 su un terreno “fuori le mura” che fu finito di pagare nel 1629. L’affresco della Madonna, risalente al 1627, fu ufficialmente trasferito nella chiesa il 14 marzo 1630.
Venne consacrata sei anni dopo il Cardinale Gian Domenico Spinola, Vescovo di Sarzana. Negli anni 40 del 1600 la chiesa sostenne molte spese per essere finita: si costruì il primo campanile, venne innalzata sulla lanterna la palla di rame con croce, si commissionò la tela di S. Giovanni Battista al pittore Mattelli.
Le reliquie dei santi che si trovano al suo interno, vi sono state collocate nel 1659.
L’ingresso alla Chiesa fu comunque possibile solo nel 1744 dopo la bonifica della zona antistante e possiamo dire che l’edificio acquistò in questo periodo l’aspetto che ha ancora oggi.
L’ultima opera fu l’organo collocato in Chiesa nel 1775.
Al suo interno vi sono notevoli opere in marmo come un lavandino di sagrestia opera del seicento o un’acquasantiera in marmo donata dalla città di Carrara e dipinti di grandi pittori dell’epoca come:
“La Natività” di Cardi Cigoli,
“La Madonna della neve” di Francesco Fiasella detto il Sarzano.